In einer Eingabeaufforderung/Terminal wird biber auf den Namen des Hauptdokumentes ohne Dateiendung (basename) angewendet. Also beispielsweise:
biber MeinDokument
Wo muss ich in den geläufigen Editoren was einstellen, um biber auf Knopfdruck ausführen zu können?
Für diese LaTeX-Editoren und Tools (in alphabetischer Reihenfolge) gibt es detaillierte bebilderte Antworten hier:
Diese Infos wurden auf Johannes' Archiv-Frage auf texwelt dort zuammengetragen.